Colonizzata dai legionari di Augusto, fu poi stazione militare col nome di "Quarto", ma solo in seguito all'invasione dei Longobardi, diventò un borgo. Essi, nel 783, vi cotruirono una Chiesa dedicata al martire San Miniato, dal quale prese poi il nome la città.
Il castello venne fatto costruire nel 962 dall'Imperatore Ottone I°, il quale vi costituì la sede dei Vicari Imperiali, con giurisdizione su tutta la Toscana. Fu anche residenza di quei marchesi, fra cui Bonifacio, marchese e vicario dell'imperatore, padre della contessa Matilde, nata a San Miniato, sembra, nel 1406.
Vari imperatori alemanni visitarono la città e vi si trattennero, dimorando nell'Imperiale Paòlagio (oggi vescovado): Federigo Barbarossa vi fu nel 1167 e 1178; Enrico IV nel 1184, 1186 e 1194; Ottone IV nel 1209.
Oltreché imperatori, San Miniato ha avuto anche l'onore di ospitare tre sommi Pontefici e cioè Gregorio V nel 996, Eugenio IV nel 1434 e Clemente VII nel 1523.
Nel 1211 sal' sul colle sanminiatese San Francesco d'Assisi, di ritorno da Pisa, e vi fondò lo storico e monumentale convento.
In epoca comunale, il borgo, di fazione ghibellina, ottenne numerosi privilegi dall'imperatore Federico II, il quale fece anche costruire, intorno al 1236, un complesso di fortificazioni, la Rocca, dove, secondo gli storici, fu improgionato e morì Pier delle Vigne cancelliere di Federico.
Dal secolo XII, San Miniato cominciò a reggersi con magistrati propri e fu coinvolto nelle lotte esplose fra le vicine città. Crollata la potenza di Pisa ghibellina (1284), a cui la città si era appoggiata, i sanminiatesi furono in seguito sottomessi da Carlo d'Angiò, al cui dominio si ribellarono per costituirsi in libero comune, entrando a far parte (1291) della lega guelfa fino a che non vennero assorbiti dalla rinascente Repubblica Fiorentina.
Si ribellarono però anche a questa nel 1370 e nel 1396. La città subì due assedi da parte dei Fiorentini e un terzo, nel 1530, da parte degli spagnoli di Carlo V, comandato dal duca d'Amalfi. Essi occuparono la città il 1° Febbraio 1530, ma ne furono ricacciati il 1° NOvembre dello stesso anno da Francesco Ferrucci, e che inalberò di nuovo sulla torre la bandiera gigliata della Repubblica Fiorentina. Quando, sotto Carlo V la Città del Giglio cadde, San Miniato venne sottomessa al Duca Alessandro de' medici ed entrò in seguito a far parte del Governo Granducale. Sotto i granduchi, con la potente famiglia dei Grifoni, divenne una delle più importanti città della Toscana Medicea.
Nel 1620 Maria Maddalena d'Austria, moglie di Cosimo II, ottenne dal marito il conssnso che San Miniato fosse chiamata Città e dal Papa Gregorio XV l'autorizzazione affiché la città divenisse sede vescovile.
Il 28 Giugno 1797 Napoleone I° venne a visitare in San Miniato lo zio canonico Filippo e nella sua casa tenne consiglio di guerra. Dopo aver dato il suo contributo alla prima guerra d'indipendenza, nel 1860 San Miniato entrò a far parte del Regno di Sardegna.
Gli anni della monarchia sabauda a cavallo tra il XIX e il XX secolo trascorrono senza grandi fatti di rilievo: situata a metà strada fra FIrenze e Pisa, la città vive con distacco gli avvenimenti che caratterizzano quegli anni.
Nel 1925, a seguito del consolidamento della provincia di Livorno, San Miniato, insieme ad altri comuni limitrofi, viene assegnato alla provincia di Pisa. A quel tempo è ancora un comune prevalentemente agricolo con oltre il 60% della popolazione impegnata in quel settore, mentre in città operano una borghesia commerciale, molti professionisti e gli addetti nel settore dei servizi ( Cassa di Risparmio, Ospedale, scuole ecc...).
La seconda guerra mondiale colpisce duramente la città distruggendo o danneggiando gravemente oltre il 50% delle abitazioni, non risparmiando neppure antichi e prestigiosi monumenti, come la rocca federiciana.
Nel Luglio del 1944 San Miniato fu attraversata dal fronte e si moltiplicarono gli episodi di scontri e conflitti tra le formazioni partigiane e i Tedeschi che controllavano la città.
Tra questi episodi quello sicuramente più tragico è rappresentato dalla strage compiuta la mattina del 22 Luglio 1944 nel Duomo, dove, nell'imminenza dello scontro con gli Americani che si apprestavano ad occupare la città, i tedeschi avevano fatto convogliare la maggior parte della popolazione rimasta in città.
Nei cannoneggiamenti che seguirono una granata entrò in chiesa colpendo la prima colonna di destra, vicino all'altare, causando la morte di oltre 50 persone. L'episodio è stato ricordato nel film "La notte di San Lorenzo", dei registi sanminiatesi Paolo e Vittorio Taviani.
Il film prende il titolo, fra l'altro, da un tragico scontro fra partigiani e tedeschi avvenuto nella campagna nei dintorni di San Miniato il 10 Agosto 1944.
Terminata la guerra iniziò la lenta e faticosa opera di ricostruzione in tutti i settori della vita sociale, economica e culturale. L'Istituto del Dramma Popolare, sorto nel 1947 con il programma di rappresentare testi teatrali ad alto contenuto spirituale, sta a testimoniare in modo emblematico questa forte volontà di rinascita.
Il Repetti chiamò San Miniato "semenzaio di uomini illustri e di ingegni celebri in tutti i tempi e in tutte le serie". Infatti personaggi insigni sono ad essa legati: in San Miniato ebbero i Natali Francesco Sforza Duca di Milano, il Capitano Barone dei Mangiadori che comandò la cavalleria fiorentina nella battaglia di Campaldino, il naturalista Michele Mercati junior, il pittore Ludovico Cardi detto il Cigoli, il chimico Gioacchino Taddei, il filosofo Augusto Conti, il poeta Pietro Bagnoli, il Professor Rondoni scienziato e maestro insigne. Anche i Borromeo di Milano ed i Buonaparte di Corsica discendono da nobili famiglie Sanminiatesi.
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